1、犯罪主体不同。偷越国(边)境罪的犯罪主体是一般主体;而叛逃罪的犯罪主体则是特殊主体，即国家机关工作人员，不仅包括在国家机关依法从事公务的人员，还包括国家机关内的非从事公务的人员。
2、犯罪主观故意的内容不同。偷越国(边)境罪在主观方面表现为，行为人明知偷越国(边)境的行为是违法行为，会给国家对国(边)境的正常管理秩序造成破坏，而仍然希望这一危害社会的结果的发生;而叛逃罪直接故意的内容是，行为人明知自己是国家机关工作人员不应叛逃，而仍然故意为之。
3、犯罪客观方面的表现形式不同。偷越国(边)境罪在客观上表现为，违反国(边)境管理法规，偷越国(边)境的行为;叛逃罪在客观方而则表现为，国家机关工作人员在履行公务期间，擅离岗位，叛逃境处或者在境外叛逃，危害中华人民共和国国家安全的行为。
4、犯罪客体不同。偷越国(边)境罪侵犯的直接客体是国家对国(边)境的正常管理秩序;而叛逃罪侵犯的客体则是中华人民共和国的国家安全。