地下室防水保护层的做法主要有以下几个步骤：

1、首先需要将原来施工的底板侧壁砖漆的保护层打掉两皮砖。

2、将底板侧壁整理好，然后和基脚附加的防水层紧密的连接在一起。

3、然后再按照正确的施工方法筑防水层，在施工完毕后要进行检验。

4、在进行施工时要注意以下几点。首先，卷材应该先铺平面，然后再铺立面，交接处应该是交叉连接的。其次，平面和立面卷材的接缝应该是在平面上，而且距离立面不应该小于600毫米。