1、单位内部的职能部门及其经办人员以部门名义收受回扣归个人的，不是单位，但个人以单位名义收受回扣数额较大且情节恶劣的，要以罪查处。
2、单位收受商家“明扣”、未如实入帐而转入“小金库”的行为，要视情况做出处理：如果单位收受回扣后用于集体福利开支的，不宜认定为犯罪；如果在小范围内以各种名义私分的，要重点追究决策者、直接实施者的刑事责任。
3、个人接受回扣后又上交单位入账，经领导决定将其上交款的一部分作为对其的奖励，以资鼓动，同时教育他人的，应视为个人合法收入；个人为捞取回扣而与卖方勾结定价或购买伪劣商品，损害单位利益的，应认定为个人。
4、法律依据：《刑法》
第三百八十五条国家工作人员利用职务上的便利，索取他人财物的，或者非法收受他人财物，为他人谋取利益的，是受贿罪。国家工作人员在经济往来中，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有的，以受贿论处。
第三百八十六条对犯罪的，根据所得数额及情节，依照本法第三百八十三条的规定处罚。索贿的从重处罚。
第三百八十三条对犯罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
(一)个人数额在十万元以上的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，可以并处没收财产;情节特别严重的，处死刑，并处没收财产；
(二)个人数额在五万元以上不满十万元的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产;情节特别严重的，处无期徒刑，并处没收财产；
(三)个人数额在五千元以上不满五万元的，处一年以上七年以下有期徒刑;情节严重的，处七年以上十年以下有期徒刑。个人数额在五千元以上不满一万元，犯罪后有悔改表现、积极退赃的，可以减轻处罚或者免予刑事处罚，由其所在单位或者上级主管机关给予行政处分‘’
(四)个人数额不满五千元，情节较重的，处二年以下有期徒刑或者拘役;情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。对多次贪污未经处理的，按照累计贪污数额处罚。
第三百八十八条国家工作人员利用本人职权或者地位形成的便利条件，通过其他国家工作人员职务上的行为，为请托人谋取不正当利益，索取请托人财物或者收受请托人财物的，以受贿论处。
第九十三条本法所称国家工作人员，是指国家机关中从事公务的人员。国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员和国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，以及其他依照法律从事公务的人员，以国家工作人员论。