1、安全性不同：转基因食用油在转基因的过程中，可能有不可预见的基因突变，所以食用转基因油可能会给人带来危害；非转基因油是天然的，安全性更高。

2、原料不同：转基因食用油的原料是转抗除草剂或者抗虫基因的转基因作物；非转基因食用油则是采用的天然农作物。

3、营养价值不同：转基因食用油的营养价值相对比较低，缺乏对人体有益的黄酮素；非转基因食用油本身的营养含量成分比较齐全，有大量人类所需的不饱和酸和微量元素。