1、大小不同：细菌较大，用普通光学显微镜就可看到，它们的生长条件也不高。病毒则比较小，一般要用放大倍数超过万倍的电子显微镜才能看到。

2、细胞结构不同：病毒没有细胞结构，可以说是最低等的生物。细菌是由单细胞或多细胞组成的简单生物，和植物一样，有细胞壁。

3、代谢方式不同：细菌具有许多不同的代谢方式，一些细菌只需要二氧化碳作为它们的碳源，被称作自养生物。病毒没有自己的生长代谢系统，它的生存靠寄生在宿主(如人)和细胞中依赖他人的代谢系统。