1、崇祯十七年（1644年），李自成起义军攻占北京，崇祯帝朱由检在煤山自缢。随后清兵入关，明朝宗室及文武大臣大多逃亡南方，此时淮河以南名义上仍属明朝。同年福王朱由崧监国南京，之后称帝，改元弘光。随后清军快速南下，围攻扬州，扬州城池破。不久南京陷落，弘光帝被俘。弘光元年（清顺治二年，1645年），唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，在福州称帝，改元隆武。

2、隆武帝采取了联寇抗清政策，黄道周发动了短暂的北伐，但随着郑芝龙降清，局势恶化，隆武帝被俘后绝食而亡，清军迅速占领东南大部。隆武二年（清顺治三年，1646年），桂王朱由榔在肇庆称帝，改元永历。后在局势危机的情况下与大西军余部联合起来。郑成功在东南沿海也乘势崛起，东西两面打击清军，抗清局面出现了高潮。但是随着三王内讧和清军加大进攻，明军滇黔防线被清军迅速击破。永历十五年（清顺治十八年，1661年），缅王莽白将永历帝执送清军。次年，永历帝在昆明被杀，南明政权最终灭亡。清康熙二十二年（1683年），延平王郑克塽降清，清军占领台湾。