1898年9月21日，慈禧太后发动了戊戌政变。至此，持续了103天的戊戌变法宣告失败，戊戌六君子被杀，康有为、梁启超等逃往国外，光绪帝失去了人身自由，被囚禁于中南海瀛台。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂外，全部都被废止，而以慈禧太后为首的守旧派势力重新掌权。

戊戌政变是慈禧太后一生当中发动的第二次宫廷政变，第一次是1861年11月同恭亲王奕訢发动的辛酉政变。两次政变都以慈禧太后的胜利而告终，也都成就了她垂帘听政的政治野心。戊戌政变导致晚清政局发生重大转折，是近代史上划时代的历史事件。该事件证明，在当时的中国，资产阶级改良的道路是走不通的。