晚年的杰斐逊钟情于教育事业，把创办一所大学作为他晚年的最大心愿。杰斐逊认为，人民有管理自己事务的能力，但人民由于缺乏明确的辨别力，有时也可能犯错误，因此，必须靠教育来提高他们的判断力。1818年，弗吉尼亚议会接受了杰斐逊提出的创建一所大学的建议，拨款15000美元，并指定了一个委员会专门负责研究大学的组织和选址问题。

从此时起，杰斐逊把所有的精力都放在了弗吉尼亚大学的筹建中，甚至连校舍的建筑图都是他亲手绘制的。他还大胆地从欧洲聘请教授，派人到英国的牛津、剑桥等著名大学物色一流的学者来校任教。杰斐逊在挑选教授时，不但看学术水平，还要看政治观点，尤其是法律教授。

杰斐逊纪念堂

在他看来，教授必须是一个坚定的共和主义者，因为他希望自己一手创办的这所大学能培养出有民主倾向的律师，并通过律师来影响立法机关（在当时，大多数被选进议会的人都是律师），使立法机关倾向民主。为了在家乡建成这所现代化的大学，在晚年本可以生活得无忧无虑的他变卖了自己大量的土地和许多心爱的藏书，临死前还背上了沉重的债务。在他的努力下，1824年5月，学校正式建成。杰斐逊觉得，创建弗吉尼亚大学是他一生中最伟大的成就之一，因而将此写进了自己的墓志铭。

1826年7月4日，正值美国《独立宣言》发表50周年之际，杰斐逊离开了人世。对他，美国人民自然十分怀念。今天，在美国的许多城市都有他的纪念碑，其中有三个最具代表性：

一个是竖立在华盛顿的纪念碑，上面铭刻着“我在上帝的祭坛上发下誓言，要永远反对一切人类心灵暴虐统治的专制形式”。这是杰斐逊一生为之奋斗的目标。

杰斐逊雕像

另一个是竖立在圣路易斯安那的纪念碑，它不仅纪念杰斐逊为美国的和平与进步所作的贡献，而且是标志美国开发西部的里程碑。

还有一个是竖立在他的故乡蒙蒂塞洛的纪念碑，上面铭刻着他为自己写下的墓志铭：

托马斯·杰斐逊之墓

美国《独立宣言》与《弗吉尼亚宗教自由法规》起草人

弗吉尼亚大学创建人

安息于此

杰斐逊一生中最为人称道的是他的民主和自由平等的思想。从早年一直到去世，他的民主思想既有一贯性，又在不断发展完善。自然权利说是杰斐逊民主思想的基础，他相信人生来就享有自然赋予的一切权利，包括寻找新的居住地，按自己意愿建立新社会的权利、自由信仰宗教的权利和自治的权利。他一直坚信，“只有人的固有的和不可转让的权利是永恒不变的”，这也正是他起草《独立宣言》和制定弗吉尼亚《宗教自由法规》的缘由。

人民主权思想是杰斐逊民主思想的核心。他对人民有着无限的信心，在写给法国重农学派尼摩尔的信中，他曾说道：“我们两个人都爱人民，但是，你把他们当作幼儿加以爱护，没有保姆你是不相信他们的，而我则把他们看成大人，他们统治自己我是放心的。”尽管他承认多数人有时也会作出错误的决定，但“人民的欺诈较少危害”。

所以当谢斯起义爆发时，杰斐逊不但不惊恐、反感，反而认为这是一件好事，“它在政治界是必要的，正如同暴风雨在自然界是必要的一样”，他还警告说：“上帝不允许我们在20年中没有一次这样的叛乱。”杰斐逊认为，只有保证人民的参政权，才能建立一个民主的社会，“在美国必须让人民参加政府的每个部门，……这是保证长期地和忠诚地行使政府权力的唯一办法。”而在这些参政的人民中，只有农民才是“上帝挑选的公民”，是他的理想的民主共和国最好的社会基础。由此，我们也就不难理解他为什么主张“农业立国”了。

当然，受时代的局限，杰斐逊的思想也并非完美无缺，他虽然倡导平等原则，主张废除奴隶制，但却认为解放后的奴隶应移往国外，以免他们玷污了主人的血液。在行政事务方面，他认为并不是所有人都能胜任政府的管理工作，只有那些“优秀人才”（即“绅士”、“贵族”）才能替人民行使他们的权利。而且他所谓的人民也并非全体国民，至少妇女和黑人不在其列。

尽管如此，杰斐逊民主思想的伟大贡献却是不容否定的，他的民主主义纲领促进了美国政治和社会经济的民主化，为美国的民主传统奠定了基础，也一直是美国人民争取政治民主和社会进步的思想动力。正如方纳教授所指出的：“在开国元勋当中，就奠定国家的民主方针来说，没有人比杰斐逊所起的作用更大。”