从“9·11”事件发生后至今，反恐主义在短期内的确取得了有利于美国的全球利益效果，但从长远看，它也带来一些不确定因素，将使其效果大打折扣，不见得会符合美国的长远利益。

首先，反恐助长了美国的单边主义。布什总统称遏制和威慑战略，已不能完全适应美国面临的恐怖主义威胁，今后将对拥有生化武器或核武器的恐怖分子或敌对国家进行“先发制人”的打击。布什政府的这一战略，已经对现行国际秩序的一些基本原则构成了挑战，如联合国的自卫原则和协调原则。

而且，在判定某个国家是否因为支持恐怖活动或发展大规模杀伤性武器就该遭受美国的“先发制人”打击的标准上，美国可以随心所欲，这种战略一旦实施，美国的单边主义和强权政治将体现得更加淋漓尽致。

美国这种不顾国际组织和国际规则的单边主义，是建立在损害他国利益基础上的。它是一柄双刃剑：既可以通过武力打造霸权，又可能伤及其自身。美国学者约瑟夫·奈就认为，一个国家不管有多么强大，都不可能单枪匹马地解决一些全球性问题；单边主义并不是一个可行的选择，它可能损害美国的软国力并有促使反美联盟形成的危险，最终导致美国的硬国力受到限制。

美国的单边主义造成大西洋联盟内部深刻的危机。在美国进攻伊拉克前，西方集团在战与和的问题上就发生了二次大战后最严重的“分裂”。美英为首的主战派得到澳、日、西、意、葡和东欧各国的支持；而法、德为首的主和派则有奥、比、芬等国的支持，还得到希腊、韩国、加拿大的同情。

两派之间的争执已经演化成欧洲内部、北约内部的矛盾斗争，造成大西洋联盟内部从未有过的深刻危机。法德的反战立场还得到俄罗斯的公开支持和中国的有力呼应，在联合国安理会形成3＋1的“反战联盟”，对美形成有力的制约。同时法德等国开始从欧洲的“分裂”中吸取教训，提高了对美国控制欧洲图谋的警惕，注重内部协调，加快对东欧各国的融合进程，加强防务建设，使欧洲成为未来的多极化国际体系中真正的一极。

其次，美国扩大打击面激化了与伊斯兰世界的矛盾，反美情绪不断上升。美国对伊拉克的战争从某些方面看反映了美国与伊斯兰世界的矛盾。亨廷顿在其有关文明冲突的著作中曾谈到“断层线战争”，也就是文明的冲突，认为“西方面临的根本问题不是伊斯兰原教旨主义，而是一个不同的文明——伊斯兰，它的人民坚信自身文明的优越性，并担心自己的力量处于劣势”。

“伊斯兰和西方文明冲突再起的原因，在于权力和文化的根本问题。……只要伊斯兰仍是伊斯兰（它肯定是），西方仍是西方（这一点存在较多的疑问），这两个伟大文明和生活方式之间的根本冲突在未来将继续决定他们之间的关系，甚至像在过去的1400年中一直决定着那样。”美国打伊拉克是要对准伊斯兰文明的一个“准核心国家”。

如果再把冲突扩大到改造伊朗等国，则可以把冲突理解为代表西方文明的“核心国家”企图改造代表伊斯兰文明的“准核心国家”之间的战争，是所谓的“文明的冲突”的现实表现，更是西方改造伊斯兰世界的现实步骤。

第三，过于重视军事反恐，忽略了综合治理。恐怖主义产生的根源非常复杂。它既是政治、经济、民族和宗教等各种矛盾的综合产物，又有历史、文化等方面的深刻背景。鉴于恐怖主义产生根源的多重性和复杂性，反恐战略理应包含政治、经济、外交、军事等多种手段的运用。

但布什政府在对外政策上特别强调美国的绝对优势地位和全球利益，对政治、经济、外交等间接战略手段重视不够或者根本不想重视，虽然也曾经采取过一些举措，但明显缺乏应有的诚意和耐心，对美国超群的军事科技和实力过分迷恋，认为军事手段是美国推进其全球霸权战略和维护自身安全的最有效手段。

以“9·11”事件为契机，布什政府在第一个任期内就发动了两场战争，这在美国近代历史上也是罕见的。因此，面对国际恐怖与反恐斗争的长期化、复杂化与艰巨化的趋势，只依靠武力，不采取综合措施，恐怖主义就难以彻底清除。