目前没有任何证据证明达芬奇是同性恋。唯一的史料记载是1476年的法庭记录,他与其他三名年轻男子被控涉嫌鸡奸Jacopo Saltarelli,后因无人出庭证据不足被驳回。有争议如施洗的约翰,一般认为原型为萨莱,还有其他副本,出自他的追随者或者萨莱自己之手。

自16世纪后也不断有人提过达芬奇的同性倾向,最广为人知的是1910年弗洛伊德在他的文章《列奥纳多·达·芬奇和他童年的一个记忆》中用精神分析的方法阐释了达芬奇的秃鹰之梦,并认为秃鹰用尾巴打他的嘴巴的行为是被动的同性恋童年幻想,而这个幻想是基于吮吸母亲乳头的记忆。

「似乎我是命中注定了与秃鹫永远有这样深的关系,因为我忆起了一件很早的往事。当我还在摇篮里的时候,一只秃鹫向我飞来,它用尾巴撞开了我的嘴,并且还多次撞我的嘴唇。」

推理过程大致如下:

尾巴(Coba)在意大利语中象征男性性器官,撞嘴,插入,所以他是情感上的同性恋,依据为达芬奇母亲过分温柔和他对男学生的开销记录。

秃鹫在埃及象形文字中代表母亲,借风受精,秃鹫之子(同时与圣灵感孕相似,自认小基督);从小有母无父(达芬奇5岁前与生母在一起,后跟父亲与继母生活),在童年开始思考我是谁,我从哪来,我到哪去的问题(此处为比喻),成为幼小研究者(研究活动升华为好奇心造就的非凡创造力代替了来自潜意识中的性渴望)。从而得出达芬奇是:情感上的同性恋,小基督,性压抑的幼小研究者,最后导致成年后性冷淡。

「生育行为和与之相关的所有事情都如此令人恶心,以致如果没有传统风俗、没有美丽的脸蛋儿和激发美感的天性,人类很快就会消亡。」——出自《大西洋古抄本》。具体论证内容:母亲在古埃及的象形文字中是由秃鹫的形来代表的,而埃及人崇拜的女神的头也是秃鹫的形,女神的名读作「Mut」,与德语「Mutter」(母亲)发音相近,这三条信息联系在一起,弗洛伊德认为这并不是一种巧合。

根据罗斯彻的词典中退克勒所写的条目,埃及神话中的女神是雌雄同体的拥有男性生殖器的神,而达芬奇的童年幻想中的「秃鹫」的「尾巴」(Coda)是男性生殖器的象征。于是弗氏硬把秃鹫,母亲,尾巴,生殖器联系到了一起,用他的婴儿理论解释了这些现象,认为这两者的共同来源是孩子对于母亲有男性生殖器的假设。

童年期失去父亲监护的孩子,受到母亲温情的过分呵护,可以肆无忌惮地「恋母」,而免于获得「阉割焦虑」——源于弗氏的「俄狄普斯情结」(Oedipus complex),大意是害怕父亲与儿子对母亲的性感觉的竞争产生敌意,进而实施阉割报复,这一理论(包括弗氏的绝大多数理论)已被抛弃——这使其感染了一部分女性气质。

而形成同性恋的关键则因为他跟他父亲在一起生活时,压抑了他对继母的性冲动,致使达芬奇模仿父亲的方式(达芬奇父亲多混,抛弃妻子)来对待自己的艺术品,所以才留下那么多未完成的杰作,以此躲避性压抑。

《列奥纳多·达·芬奇和他童年的一个记忆》里说:在列奥纳多的情况中,我们不得不坚持这个观点:他非法出生的这种偶然性和他母亲的过分温情对他的性格的形成,对他以后的命运起到了决定性的影响,因为童年时期以后开始的性压抑使他把里比多(Libido性欲)升华为求知欲,还在他以后的全部生活中造成了性静止。迄今为止,达芬奇的童年都迷雾重重,鲜有资料记载(或有纰漏)比如弗称达芬奇幼年收母亲「过度呵护」就不知从何考证而来。

弗氏的推理能自圆其说,但有一处致命伤。上世纪50年代就有人指出,在达芬奇《大西洋古抄本》中,达芬奇把那只鸟称为「ni bio」(现在拼写为「nibbio」),对应的是意大利语词——「鸢」作为鸟类专指的是鸢。弗洛伊德运用的词始终是译成德语的「geier」,「geier」对应的英语只能是「Vulture」(秃鹫)。正确的应该是「milan」。弗洛伊德的错误好像源自他所利用的一些德文译作。

例如,玛丽·赫兹斐尔德有一次用「geier」来代替「milan」——「鸢」。弗氏最重要的参考资料来自梅列日科·夫斯基关于列奥纳多的著作的德文译本,这一点可以从弗洛伊德书房里一本作满记号的藏书上看出来。这本译作为他提供了大量有关列奥纳多的资料,他很有可能从中读到了这个故事。尽管梅列日科夫斯基本人正确地使用了「коршун」——俄语中的「鸢」一词,但是这个译本用来描写「摇篮幻想」中「鸢」的德文单词也是「geier」。

推测是把Kite当Vulture翻译了,但其实鸢和秃鹫是两种动物。也就是说达芬奇看到的是鸢(鹰在芬奇小镇很常见)而不是在埃及象形文字中象征Mut的秃鹫。埃及语是象形文字,而埃及语「母亲」(mut)一词,象征的是一只秃鹫,而不是鸢。在加德纳的权威著作《埃及语法》(第二版,1950,p469)中,「Gyps fulvus」西域秃鹫就是狮身鹫首兽的原型。况且从栖息范围上看这种西域秃鹫在意大利没有活动痕迹。这便直接导致弗罗伊德的推理断裂,鸢不象征母亲,托斯卡纳小镇的寻常之物而已,建立在此之上的恋母,同性倾向理论就此失效。

最早菲斯特声称在《圣母子与圣安妮》(The Virgin and Child with St.Anne)中发现了秃鹫的轮廓痕迹弗洛伊德在第二版的时候很勉强的接受了它,但这除了让这套理论更荒诞没有其他意义。弗氏认为在无意识中,艺术家是通过艺术表现来实现自我,本我,超我之间矛盾与冲突的人,虽然他的分析方式有预设立场的嫌疑(根本就是在预设立场吧)但也掀起了心理学文艺批评的新浪潮。