在1099年7月十字军第一次占领耶路撒冷以后，在全城展开了大屠杀。阿克萨清真寺中避难的1万多妇孺全部被十字军士兵们刨腹剜心，伊斯兰寺院、宫殿和民间的金银财物被抢劫一空，许许多多的异教艺术品被毁灭。

经过三天的屠城之后耶路撒冷没留下一个非基督徒的活人，一名骑士在写给教皇的信中描述道：“我骑马经过街道的时候，异教徒的血没马腿到膝。”随着征服和掠夺，对黄金的贪念和渴求充斥着十字军士兵的灵魂。

其中十字军第四次东征（1202～1204）由教皇英诺森三世策划，最初确定东征埃及，但威尼斯商人为了自己的商业权益，采取威胁利诱手段促使十字军改变东征方向，进攻信奉同一宗教的商业劲敌拜占庭帝国。

1204年4月13日，十字军攻占君士坦丁堡，烧杀洗劫数日，毁坏历史文物不计其数；同年占领拜占庭在巴尔干半岛的大部领土，建立“拉丁帝国”（1261年亡）。从此，拜占庭帝国四分五裂，其商业地位为威尼斯等所取代。这一事件充分证明了十字军骑士是浑身沾满了血和铜臭的邪恶强盗组织。

恶有恶报，十字军骑士团中实力最强大财富最庞大的圣殿骑士团的下场最为悲惨：最后一次十字军东征结束之后，巴勒斯坦王国瓦解，圣殿骑士团被迫必须离开圣地；当骑士团的主力部队回到法国，法王菲力普四世认为像圣殿骑士团这样强大的组织如果在法国境内建立，将对他的王位与整个法国有严重的威胁。

于是在1307年10月13日星期五这一天，罗马教廷的教皇和法国国王联合执行了一条对圣殿骑士团的秘密处决令。圣殿骑士们因为被说成是异教徒和同性恋者而被判处死刑，失去了他们长期以来所拥有的权利。基督教大长老雅克·德沐莱被捕，他死前受尽了折磨，最终被钉死在十字架上。

随后几年之内，好几百名圣殿骑士团被处死，骑士团的组织也随之彻底瓦解。这也是西方人对于星期五、十三号这个日子所有的不祥预兆的起源。

此后随着西欧中央集权国家的形成，教皇权力日渐衰落。1303年，教皇卜尼法斯八世（1294～1303在位）在与法国国王腓力四世的斗争中失败，屈辱而死。1309～1377年教廷迁至法国边境的阿维尼翁，受制于法王。

1378～1417年天主教会大分裂达40年之久。1377年法籍教皇格列高利十一世（1370～1378在位）利用法国王权在百年战争中一度削弱的机会，将驻地迁回罗马。

1378年意大利枢机主教团在罗马选出格列高利十二世（1406～1415在位）为教皇。法国枢机主教团则选本尼狄克十三世为教皇。1409年3月在意大利比萨召开的宗教会议上，选举亚历山大五世为新教皇。但在位的两个教皇拒绝退位。

1410年亚历山大五世去世，约翰二十三世继位，形成三个教皇鼎立的局面。1417年康斯坦茨宗教会议罢黜了在位的3个教皇，另选马丁五世（1417～1431在位）为教皇，教会复归统一。

16世纪，欧洲爆发宗教改革运动，教皇地位进一步削弱。自神圣罗马帝国皇帝查理五世1526年攻陷罗马以后，以后的历代教皇实际已经不敢公开反对世俗君主的政治活动了。之后19世纪的拿破仑加冕，可见教皇权力日渐衰落，已不复昔日荣光。

教皇国被称为“圣伯多禄的遗产”。尽管授予教皇对这些领土的统辖权的文件，也就是所谓的君士坦丁御赐教产谕，在15世纪被证明是伪造的，教皇对教廷国的统治还是延续到了1870年意大利统一的时候，而意大利王国和教皇之间最终的政治协议一直到1929年的拉特兰协定才得以实现。1948年通过的意大利共和国宪法，再次确定该协定的合法性和有效性。

在2005年4月2日到2005年4月18日，教皇的职位空缺，这种情况称为皇座出缺（sede vacante）。前任教皇是若望·保禄二世（John PaulⅡ），他于1978年58岁时被选为教皇，也是自阿德里安六世（1522年-1523年间在位）以来首位被选为教皇的非意大利人。

若望·保禄二世于格林威治时间2005年4月2日19：37逝世，享年84岁。在4月18日开始的教皇选举中，用了不足24小时，就选出德国籍枢机主教约瑟夫·拉青格（Joseph Ratzinger）作为新教皇，是为本笃十六世。

在天主教会的教阶体制中，教皇享有最高的立法权和司法权，能制定或废除教会法规，指定人员组成教廷，创立教区，任命主教，而且“在伦理和信仰上永无谬误”。在11世纪前，教皇须经世俗君主或意大利贵族遴选或认可。

尼古拉二世登基后于1059年决定教皇由枢机主教选举产生，但须得到法兰克王亨利一世及其继位者的认可。直到1179年第三次拉特兰会议和1274年第二次里昂会议两次确认后，才正式规定教皇可单由枢机主教选举产生，不过仍须承认法、西、奥三国君主对候选人具有否决权。

20世纪初，三国王室相继被废黜后，庇护十世废除了这种世俗君主的否决权。1914年，本笃十五世遂成为单由枢机主教选为教皇的第一人。教皇登基后任职终身，不受罢免，但可自行辞职。