因黄河改道，目前只有一部分能通航。

1853年后，太平天国占据南京和安徽沿江一带十多年，运河漕运被迫中断。

1855年黄河改道后，运河山东段逐渐淤废。从此漕运主要改经海路。

解放后对运河进行了大规模整修，使其重新发挥航运、灌溉、防洪和排涝的多种作用，部分河段已进行拓宽加深，截弯取直，新建了许多现代化码头和船闸，航运条件有所改善。季节性的通航里程已达1100多千米。江苏邳县以南的660多千米航道，500吨的船队可以畅通无阻。

2014年9月，通州、武清、香河三地水务部门已签订战略合作协议，京杭大运河通州—香河—武清段有望实现复航，计划于2017年实现初步通航，2020年正式通航。

2019年10月3日，京杭大运河（通州城市段）旅游通航仪式举行，北关闸至甘棠闸段11.4公里正式通航。

2021年6月26日，京杭大运河北京段的通航将创造多项新的历史，包括北京市第一次出现航道和航运，第一次出现船闸等通航建筑物运行管理，第一次出现市内水路运输等。