关于明智光秀起兵的动机，有多种说法。例如怨恨信长，夺取天下的野心，守护朝廷等等，并没有统一的见解。

本能寺之变事起突然，而且找不到任何明智光秀本人出现在本能寺或二条城的记录，明智光秀的幕后到底有没有黑手，谁该为织田信长之死负责，一直是多方研究的重点。

日本甚至有部分人认为光秀背负弑君的罪名并不公平，而组成了“明智光秀公彰显会”，专门为明智光秀申冤。

一、光秀怨恨说

江户时期以来一直到昭和二次大战时期之小说一般都采用怨恨说作为题材，最重要的就是被解除招待德川家康的职务这一点。虽然很难辨明真伪，但作为理由，一般认为有以下几个：

1、明智光秀本计划周到细心地招待家康，但是准备的菜肴中有恶臭的气味（亦有说因准备材料因天气关系而发出非腐烂的自然味道，信长在巡查厨房时发现，但不接受光秀解释，且褫夺其飨宴奉行一职）。信长怒道“你打算拿烂掉的菜来招待吗？”撤掉了菜肴，并罢免了光秀的接待职务。

2、明智光秀在平定丹波国的时候，将其母（亦有乳母说）作为人质交给八上城，说服城主波多野兄弟前往信长处。然而信长杀害了兄弟俩人，结果在八上城的光秀的母亲也被杀害。

3、信长下达要将光秀从原封国丹波国转封到尚是毛利氏领土的出云国与石见国。由于之前信长驱逐重臣林通胜与佐久间信盛，让光秀也有了失去领土被驱逐的危机感而心生不满。

4、明智光秀作为幕府的役人，是坚定的幕府支持者，而织田信长废黜幕府将军足利义昭以及要求修改历法等藐视幕府的行为，让明智光秀认为其并非改革者，而是秩序的破坏者。

5、在对待长宗我部家的立场上，光秀和信长持完全不同的态度。长宗我部元亲之子信亲与光秀麾下大将斋藤利三本是远亲，光秀利用这一层关系，说服信长招抚长宗我部氏，使其统合四国的军事，从侧翼夹击毛利氏。

然而，长宗我部元亲烈火疾风般的四国统一战却引发了信长的不快，他转而支持赞岐的三好康长，还企图让三子信孝入继三好家，派信孝和丹羽长秀准备四国攻略，日后即由信孝接管长宗我部的原有领地。

其实主从意见相左并没有关系，然而最初是光秀把长宗我部拉上信长的战车的，信长一脚把他踹了下去，事先却毫不征求光秀的意见，而且四国攻略也没有光秀的份，这使光秀既恼怒，又恐惧，害怕自己在信长眼中是一枚可以随时放弃的卒子。

况且，前此羽柴秀吉自作主张地插手四国事务，派兵攻克了淡路岛，分明是在抢他光秀的风头，而自己竟要前往中国地区，听从羽柴秀吉的指挥。

由此，光秀倍感耻辱，积怨甚深。但是，积怨说的依据大多是在江户时代之后出现的文稿，作为史料非常值得怀疑。

对于光秀从何时决定谋反尚未定论，但是在龟山城出兵前，光秀在参拜爱宕神社时所咏的诗歌“时は今、雨が下しる、五月哉”（谐音：时在今日，天下当倾），似乎可以显示当时他已经下定了谋反的决心。

二、朝廷黑幕说

此说是兴起的说法，是本能寺之变诸说中，比较有利的说法。朝廷黑幕说的基础建立在三职推任事件上。此事被记录在公卿劝修寺晴丰所写的“天正十年夏记”。

原文：“廿五日天晴。村井所へ参后。安土へ女はうしゆ御したく候て、太政大臣か关白か将军か、御すいにん候て可然候よし被申候（しかるべくそうろうよしもうされそうろう）。その由申入候。”

这段被称为三职推任事件的文章引起了立花京子、小和田哲男、今谷明、堀新等日本学者的注意。本文从不一样的角度解释，则出现两派相反的看法，分别列举如下：

朝廷主动派，本派是小和田哲男、堀新等学者所支持的看法。1582年4月25日，信长消灭武田家后，朝廷派遣劝修寺晴丰跟织田家京都奉行村井贞胜提出希望织田信长从太政大臣、关白和征夷大将军中选择其中一个职位担任的想法。请村井向信长转达，让朝廷可以做好准备。

信长主动派，本派是立花京子、今谷明等学者所支持的看法。1582年4月25日，信长消灭武田家后，透过其京都奉行村井贞胜向朝廷使者劝修寺晴丰提出织田信长希望能从太政大臣、关白和征夷大将军中选择其中一个职位担任的想法。请劝修寺向朝廷转达。