传说少林寺曾被清廷纵火焚烧，这种传说是否有历史依据，清心寡欲的佛门弟子做错了什么，以致让清帝与他们过不去？

事实上，在康熙、雍正、乾隆三朝，少林寺并未被焚，不仅没有焚毁，这些清朝皇帝，还敕修这座千年名刹，现存的少林寺建筑物，都是明清以后重修的。现今所见的少林寺山门，是清雍正十三年（1735年）奉敕创建，“少林寺”横匾，是清康熙皇帝亲笔书写。

少林寺碑林内，多是唐宋著名书法家的珍品。传说乾隆皇帝当年游少林寺时，曾立一座石碑，寺僧发觉碑林内有几块石碑竟高出皇帝的石碑，就立即将这几块石碑埋藏地下，最近才将石碑掘出，使其得以重见天日，可见清朝帝王对少林寺是不错的。但传说少林寺的武僧参加了反清复明的斗争，最后遭到雍正皇帝的镇压，一把火将少林寺烧了个干干净净，这在历史上是怎么回事呢？

历史上的雍正以“圆明居士”自诩，他不但参与佛教内部之争论，还写了专门的著作，对佛教一向热心。雍正十三年1735年，河东总督兼河南巡抚王士俊上书皇帝，建议全面修整少林寺，并绘制了规划图呈请御批。雍正帝十分重视此举，做了详细的批示，并着王士俊办理，御批中指示：竣工后，少林寺应该派何人做住持，等候朕的谕旨，应从京城派人去做住持。

雍正帝的批文中有“房头僧人类多不守清规，妄行生事，为释门败种”等话语，又令将门头二十五房拆毁，在寺门外修筑寺墙，这就颇耐人寻味了：如果仅仅是寺僧破戒违律，何以会让皇帝咬牙切齿﹖雍正帝于是年八月驾崩，乾隆帝承袭大统，但修整少林寺的九千两白银还是拨下来了。这次大规模修造，重点是两项：

一是增加了山门，二是拆除二十五处房头住房，集中在寺院山墙东西两侧，加盖寮房。另外，对天王殿、大雄宝殿、法堂等做了翻修。总之，乾隆初年的大修大建，奠定了今日少林寺的格局。

雍正帝为什么一方面要拨银两整修少林寺，另一方面又主张由京城派人担任少林寺住持，而且要求将门头二十五房拆毁、加修围墙呢？这可能和历史上的“西鲁故事”有关。

嘉庆十六年1811年，清政府在广西东兰州今东兰县姚大羔家查获天地会《会簿》一件。《会簿》记述了天地会创立的一段悲壮历史，这就是著名的“西鲁故事”，大意是说：少林寺僧曾帮助康熙皇帝打退西鲁人入侵，而未受朝廷的封赏。他们回少林寺后，却遭到奸臣陷害，寺院被焚，128位和尚大都惨死，只有18人死里逃生。又历尽艰辛，剩下5人，走向海石连天的长沙湾口。

这时，从海面上漂来白锭香炉一个，他们取来一看，香炉底上有“兴明绝清”四字，大受鼓舞，认为命不该绝，决定效法三国时刘、关、张“桃园结义”，乃歃血盟誓，结拜“天地会”，组织反清复明的活动。清初天地会的历史一直无从考证，但清初少林寺参加反清活动是极有可能的，这从少林寺住持不愿接受清政府的委任，甚至辞去方丈的职位，可以看出线索，从雍正帝处心积虑要捣毁门房、委派住持也可以看出端倪，至于拨给银两建寺，那只不过是软硬兼施的手段而已，但清初帝王的确没有像人们传说中那样捣毁寺庙、屠尽寺僧。

传说中的焚寺可能就是雍正帝下令将二十五房门头的住所悉数拆毁，以便于“稽查管束”，雍正帝推测这次强行拆除行动必遭到反抗，因此“寺院被焚”可能指雍正帝派人焚烧门头住所的强行之举。

少林寺最大一次灾劫发生在民国十七年（1928年），军阀混战，少林僧人站在樊钟秀一方，让樊军驻扎寺内，樊钟秀败退，石友三一怒之下，派兵焚寺，一场大火连续焚烧了45个日夜，把寺内无数殿堂、楼阁和很多经文、刻本、古文物化为灰烬。