1938年3月，蒋介石以抗战为理由，将国民党中央组织委员会党务调查科改组成中国国民党中央执行委员会调查统计局，5个月后又将复兴社特务处、军事委员会密查组和军事委员会调查统计局第二处整合成国民政府军事委员会调查统计局。它们就是国民党臭名昭著的特务组织中统和军统。

从性质上看，中统和军统都是特务组织，两者有何区别呢？中统的工作重心是监控国民党机关内部情况；打击一切国民党之外的党派；控制社会舆论和思想。而军统属于国民党军队序列，主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。

他们的工作领域不同，中统的是党内，军统的是军中。其职责范围非常明确，收集到的情报和线索，如属于对方负责的范围，必须移交给对方接收。

刚开始，中统及其前身的地位高于军统，加上控制了邮政系统，能获取到大量的情报，因此立功无数。但军统趁着战争爆发，急速发展势力范围，还获得了资源的倾斜，地位上超越了中统，就连国民党高级将领，也畏之如虎，谈军统色变。

这两者都是国民党统治的马前卒，并且分工清晰，按理说没有什么利益冲突，实际上并非如此。它们从成立之时起到国民党败退大陆，没有一刻停止过明争暗斗，势同水火。

姑举一例，鲁东行辕主任卢斌和副主任厉文礼分属中统和军统，两人素来不和。两个派系下的武装时不时火拼。1939年2月26日，厉文礼指使部下胡鼎三与莱阳县长王海如带兵偷袭卢斌以及部下，掳走之后趁着黑夜用乱石击杀，死亡十余人。这起“鲁东行辕事件”震惊一时，是中统和军统矛盾不可化解的结果。

中统和军统矛盾重重的原因很多，除了争权夺位、邀功求赏的竞争关系之外，和蒋介石关系最大。中统虽然名义上听从蒋介石指挥，却控制在陈立夫、陈果夫之手，国民党内部派系林立，陈氏兄弟代表的CC系为了派系利益会图济其私。

而军统头子戴笠对蒋介石忠心耿耿，言听计从，工作原则就是“秉承领袖意旨，体验领袖苦心”，军统一切听命于蒋介石，蒋介石自然偏向军统，让中统和军统的矛盾日积月累，越来越深。

另一方面来说，蒋介石精于权术，明白中统和军统相互牵制，才能让他容易掌控，对许多矛盾睁一只眼闭一只眼，根本不想化解，这也是中统和军统纷争不断的一大原因。