黄飞鸿是佛山南海人，生于1856年7月9日。黄飞鸿出生一个武术世家，父亲黄麒英是当地一名颇有名气的武师，位居“广东十虎”之列。不过，在民生凋零的晚清时期，武功高强又有什么用?黄麒英家庭贫困潦倒，只能靠跑江湖卖艺，勉强维系生计。

黄飞鸿在3岁时，就跟着父亲练习武艺。黄麒英不希望儿子重复自己的人生道路，期望他勤奋读书，考取一份功名，来改变自己的命运。可是，黄飞鸿的兴趣不在读书上面，老是从学堂逃学回来。对此，黄麒英毫无办法，只好带着他闯荡江湖。

从七八岁开始，黄飞鸿与父亲一起闯荡江湖，卖艺为生。黄飞鸿一边卖艺，一边刻苦学习武艺。佛山是著名的“武术之乡”，有不少赫赫有名的武术高手。其中，有一个人叫郑大雄，擅长左手钓鱼棍法，打遍佛山无敌手。黄飞鸿在卖艺时，初生牛犊不怕虎，向郑大雄发起挑战，竟然以微弱的优势将他打败。

从此，黄飞鸿在佛山声名大噪。

1869年，13岁的黄飞鸿和父亲在卖艺时，救助了铁桥三梁坤的关门弟子林福成。梁坤与黄麒英一样，名列“广东十虎”之列，擅长洪拳。林福成为了感谢黄飞鸿，向他传授了铁线拳。黄飞鸿将父亲传授的伏虎拳与铁线拳结合在一起，再杂糅其他绝技，融合贯通创造了一套虎鹤双形拳、无影脚等，威力无比。

1872年，黄飞鸿结束了卖艺生涯，在广州开设武馆，为铜行、铁行工人传授武艺。1874年，广州三栏行(果栏、菜栏、鱼栏)聘请黄飞鸿为武术教练。那时候，黄飞鸿年轻气盛，血气方刚，路见不平拔刀相助，多次打败为非作歹的恶棍，获得了“大侠”的声誉。

武功高强的黄飞鸿，甚至还引起了官方的注意。1882年，广东水师聘请黄飞鸿为武术教练。期间，黄飞鸿考取了广州将军衙门的“靖汛大旗手”一职。1885年，广东水师的记名提督吴全美赏识黄飞鸿的武功，将他聘请为军中技击教练。

1886年，黄飞鸿的父亲黄麒英因病去世。不久，吴全美也去世了。黄飞鸿无心留在广东水师里，辞去了军中技击教练一职，在广州仁安街开始了一家医治跌打损伤的医馆“宝芝林”。

在徐克指导，李连杰、关之琳等人主演的系列电影《黄飞鸿》中，“宝芝林”是一个重要场景。黄飞鸿许多除暴安良的精彩故事都是在“宝芝林”展开。

黄飞鸿是一个深明大义的人。在《黄飞鸿之三：狮王争霸》里，黄飞鸿为了参加慈禧太后举行的狮王争霸战，千里迢迢地从广州赶到京城。后来，黄飞鸿在参加狮王争霸战时赢得了金牌，并救下了李鸿章，并且对他说了一番话：

“现在金牌在我黄某的手上，但并非我赢了。大人为了大显我民神威，而办的这狮王争霸，死伤这么多人，在世人面前，其实我们都输了。依小民只见：我们不止是练武强身，以抗外敌，更应该广开民智，智武合一，那才是国富民强之道。”

最后，黄飞鸿把金牌留给李鸿章，昂首阔步离开。

当然，在真实历史里，黄飞鸿并没有参加什么狮王争霸战，也没有与李鸿章有过接触，这样一番话，显然来自于编剧的演绎。不过，黄飞鸿身上的为国为民情怀，还是非常浓烈，超过了寻常武师。

1924年，黄飞鸿的“宝芝林”医馆遭遇一场灭顶之灾。当时，广州商团不满横征暴敛，发起反抗，被官府平定下去。这一场变故发生后，广州西关一带的房屋被损毁大半。“宝芝林”医馆遭到池鱼之灾，被焚烧一空。黄飞鸿多年辛苦积攒的家产，被付之一炬。

那时黄飞鸿已经68岁高龄了。这场打击，让黄飞鸿忧郁成疾。第二年，黄飞鸿撒手人寰，病逝于广州城西方便医院，时年69岁。

黄飞鸿去世时，家里一贫如洗，负担不起举行葬礼的费用，甚至买不起棺材。黄飞鸿的女弟子邓秀琼筹措了一笔款子，给师父举行了葬礼，并将他安葬在白云山麓的墓园下。