1、引致小葱根腐病的主要有两种病害，一种是软腐病，另一种是黑胫病。

2、软腐病是一种细菌病害，主要从伤口侵染，田间靠灌水传播。防治应采用乾农“根尚雅”灌根处理。同时要注意做好地下害虫的防治，必须灌药以后再灌水，且雨后要灌药。

3、黑胫病是由茎点霉属真菌引起的，主要是以病残体在田间越冬，为一种土传病害。严重的应该与非十字花科作物倒茬种植，同时施用万稼生物肥料。该病也能随灌水传播，因此也应施药以后再灌水。