在游戏中我们将扮演initiates成员。我们会从一个看起来像瑞贝卡或为其他initiates成员的女子处看到一些过场动画，她找到了一份Abstergo文件。文件显示圣殿骑士想要使用(解码)圣者(或其他第一文明成员)的DNA(John的尸体已被Abstergo回收)来找到更多的伊甸碎片(Abstergo方面称之为"凤凰计划")。我们的任务是要尽快找到圣者(因为亚诺会遇到一个,而且这名圣者死的时候亚诺或许在场),并在圣殿找到他之间把相关信息提供给刺客。

　　注:由于OP及本人可能存在理解上的偏差，以下内容可能并不能100%反应游戏的真实内容。

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