根据气温和空气湿度判断，间隔时间以及淋水量晴天2-5天淋一趟水，每次10-40分钟。木瓜切忌水浸，茎基部淹水24小时，轻则烂头，重则死苗。应保持地下水位在40厘米以下。

化肥可以管道水施，有机肥可以埋施和撒施，施肥后淋足水使肥料充分融化。每次喷药防病时可加入硼砂（或速效硼）、磷酸二氢钾、生物肥、叶面施。肥料种类为复合肥、钾肥、磷肥、氮肥、硼砂（开花后必须经常喷施）、镁肥、钙肥、生物肥、花生麸等。全年施肥量化肥2-4千克／株，有机肥4-6千克／株，硼砂0.3千克／株。

番木瓜对除草剂非常敏感，任何除草剂对它的伤害都非常大，只能人工除草、地膜覆盖和控水抑杂草。