1．化肥施用量超标导致土壤盐渍化，氮磷钾比例失调。在设施蔬菜生产中，一些菜农凭经验施肥，施肥量偏大甚至超过蔬菜生产需要的几倍甚至10倍以上，这是导致土壤盐溃化和氮磷钾比例失调的最重要原因。

2．土壤中养分不均衡，氮磷钾比例失调。据调查，大棚蔬菜施用氮磷钾比例与蔬菜需要的氮磷钾比例有很大差距。如大棚黄瓜吸收的氮、磷、钾分别为36%，17%、47%，而在种植大棚黄瓜时菜农平均施用的氮、磷、钾分别为36%、38%、18%。很明显，施用的磷比例偏高，钾偏低。

3．施用化肥品种和方法不符合蔬菜生产要求。大棚蔬菜禁止施用易释放氨的化肥品种，但仍有部分菜农用碳酸氢铵表面撒施。复合肥是菜农施用的主要化肥品种，磷酸二铵、三元复合肥在土表面撒施也占了较大比例，造成了磷钾资源的浪费。

4．有机肥施用量偏高。据调查，目前不少蔬菜地存在着施粪肥过多问题，有的地方蔬菜地一次施用鸡粪高达25米a／亩，然而，许多研究表明，长期大量施用有机肥会影响土壤的理化性质，导致一系列不良后果。

5．土壤生态环境恶化。连茬作物根系的多年分泌物和代谢物长期积累，就会引起土壤生态环境的变化，进而影响作物生长。