尚未研制出变异了的流行性腹泻新毒株商品化疫苗。本病常与猪传染性胃肠炎相继发病或混合感染，为此可选用传染性胃肠炎-流行性腹泻二联弱毒活疫苗或灭活苗（弱毒活疫苗优于灭活苗），也可选用传染性胃肠炎-流行性腹泻-轮状病毒三联弱毒活疫苗。肌内注射无效，必须采用后海穴(又名交巢穴，即尾根与肛门中间凹陷的小窝部位）注射，进针角度为与脊背平行稍上扬5°?10°角，不能平行进针，否则针头会穿透直肠将药液打进直肠而失去效果。