1、证据上的效力。因为公证是对法律行为、有法律意义的文书或事实的真实性与合法性予以确认证明，一旦纠纷发生，公证后的协议就成为特殊的书证，证明力较强。人民法院对经过公证证明的法律行为、法律事实和文书，应当确认其效力。在审判人员认为没有疑义的情况下，即可将公证后的协议书作为证明事实的证据。
2、法律上的效力。法律规定或当事人约定必须公证证明的法律行为，是该项法律行为生效的条件之一，如没有履行公证，该项法律行为则没有生效。