贝德士作为一个受过牛津大学和耶鲁大学历史系严格训练的历史学家，通过日军的战争行为，他意识到这是值得被记录下来的，日军的罪行应该被更多的人看到，包括后人，他注重证据的收集与保全，他不仅记录自己亲眼所见的，而且别人向他诉说的，他都会实地调查，确定事实。

贝德士除了记录了日军的罪行，还帮助调查南京的战争损失，为后来研究南京大屠杀留下了宝贵的资料。

日军罪行罄竹难书，贝德士注意在信件中记录当时的情况，这样就能将南京的状况传到外面去。现在查有实据的贝德士1938年1月10日给黄溥的信函是最早向外界揭露南京大屠杀的珍贵史料。而且这封信还被田伯烈收入《外国人目睹之日军暴行》一书，复印件也流传到尚未被日军占领的许多地区。

贝德士的书信记载了日军的滔天罪行，他毫不讳言地向妻子描述自己的的所见所闻和艰难的处境，1938年2月1日他给妻子的信中提到：“毫无夸张地说，数千名妇女曾成群的向我们这些人跪下，她们中的许多人发誓宁可死在现在的地方，也不回家遭受强奸和杀戮——因为这星期许多妇女回到她们散落在各处的家之后都被奸污了（有些实际上被杀了）。”

1938年1月9日在写给妻子的信中，贝德士提到，南京由于战争和日军的暴行，非常危险。道路被破坏和缺乏交通工具，根本不可能出行。尽管数量不多，但日军发生了枪杀和强奸外国人的事件。

因为当时的日军并没有努力清理城市，而是还在想着战争，所以贝德士感到，不知道下一刻会发生什么。贝德士记载了许多日军杀戮的罪行：“1万多手无寸铁的民众被残酷地杀害。大多数我所信赖的朋友认为远远不止这个数字。被杀害的是放下武器或被俘投降的士兵；还有许多妇女儿童在内的普通民众，也被肆无忌惮地枪杀和刺死，就连他们是士兵这一借口也不需要了。”

由于战乱和日军的暴行，包括贝德士在内的中外人士，均被偷抢了许多财物。日军的强奸行为也愈演愈烈，连大学里也时有发生。战争使南京城内外均陷入混乱，安全区也是人烟稀少。告发和间谍也威胁着人们的安全，校园里也不例外。

抗日胜利后，贝德士出席了远东国际军事法庭，作为证人指控日军在南京犯下的罪行。这些证词是他当时记录、搜集的信息。1946年7月16日，贝德士的证词指出，日军对人民态度极坏，数周间发生事件900起。其残虐行为，极为广泛。

据金陵大学史迈士调查，有1.2万非战斗人员被杀，中国士兵武装被接解除后，均被押送至长江畔用机关枪扫射，在72小时内，南京国际安全区委员会埋葬军民尸体达3万具。在金陵大学校舍内收容难民3万人，曾发生强奸事件数百次，日军入城后连日在市内各街巷及安全地带搜索妇女，南京占领后一个月，计有妇女2万人被强奸。