本来朱元璋派自己的儿子到各地为王，是为了让他们做皇室的屏障，抵御外部侵略或是镇压内部叛乱。但是因为这些藩王被赋予了极大的权力，手中握有重兵，很快就成了新皇帝的心腹之患。建文帝还没有即位的时候，就已经开始为这种严重的状况担忧了。黄子澄就用西汉景帝平定“七国之乱”的事安慰他，说他才是皇朝正统继承人，根本不必害怕。等到他登上皇位时，朱元璋的二子秦王、三子晋王已经相继死去，四子燕王朱棣就成了皇室中最年长的人了。而且他的封地在北边，扼守防御蒙古的第一线，位尊权重，实权最大，所以他也就成为新皇帝潜在敌人中最具危险性的一人。

建文帝和他的三个亲信大臣商量，得出的一致意见就是要迅速削藩。这个决定本来并没有错，错的是他们选择的削藩方式。就在建文帝登基的这一年，刚刚处理完朱元璋的丧事，他就派出一支军队去奇袭周王朱楠的封地开封，并把周王逮捕，废为平民后发往云南。这种像对付叛逆一样的严厉手段使所有的藩王都大吃一惊，心里全都非常惊恐。随后，建文帝又找各种理由处置了岷王、湘王、代王，撤消了他们的封国，有的被软禁，有的被废为庶人。这种急风暴雨式的处置方式使封地在北京的燕王也感到胆战心惊，深知自己也离那一天不远了。

燕王朱棣本来就怀有异心，又听从了僧人谋士道衍和尚的劝告，终于下决心铤而走险。可是他又需要时间进行准备，不可能立即起兵。令人疑惑的是建文帝对燕王的处置上表现出了意料之外的优柔寡断。他派人去监察燕王的行动。燕王就装作精神失常，装疯卖傻、胡言乱语。建文帝得到这样的回报，心里更加犹豫。在此之前他用严厉的手段处置那些藩王，是因为那些藩王确实有一些或大或小的过错，使他师出有名。可是燕王却没有被他抓住什么把柄，反而因为镇守边疆为国家立有大功。这时又见燕王生病，心里更加不忍，对燕王的处置也一直迟迟没有决定。就在他还犹豫不决的时候，燕王却己经开始在自己王府的高墙深院中训练士兵，制造武器了。后来，在燕王几次请求之下，建文帝居然放回了燕王留在南京做人质的几个儿子。燕王这时再也没有后顾之忧了，甚至还高兴地振臂高呼：“天助我也！”建文帝的这种妇人之仁被后代的史家们评为最愚蠢的举动。

燕王在做好一切战斗淮备之后，于建文元年(1399年)七月公开发动叛变，率军南下，打着“奉天请难”的旗号，以“清君侧”为名开始了他的篡位行动。建文帝到这时才如梦初醒，可是一切都已经来不及了。