朱棣迁都北京后，南京降为留都，由皇族和大臣驻守，以保证南京也有个形式上的朝廷。但南京宫殿渐趋冷落，数百年间，南京明故宫屡遭损坏。

明英宗正统十四年（1449年）夏六月天降雷雨，谨身殿、华盖殿等被雷电击中起火后烧毁。明宪宗成化二十一年（1485年）五月，南京刮飓风，太庙的树被连根拔起，太庙大祀殿和皇城各门兽吻被毁。明世宗嘉靖元年（1522年）七月，南京下暴雨，江水泛滥，整个南京城及皇城都受到不同程度的损坏。

公元1644年，李自成攻陷北京，崇祯帝的弟弟朱由崧逃往南京，在南京建立南明小朝廷，这时明故宫已相当破败，朱由崧只能在武英殿“登基”了，因为三大殿已荡然无存。清军平定江南以后，清政府将明故宫改为八旗兵驻防城，明故宫建筑遭到很大破坏。

公元1684年，康熙皇帝首次南巡，到达江宁（南京），见到残破不堪的明故宫大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣！……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶！”可见此时的明故宫已经没有一座完整的建筑了。太平天国战争期间，明故宫又经受了一次较大的破坏，除了地下埋藏的石构件以外，只剩下一片残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟了。

康熙三十八年（1699年），经康熙批准，又拆迁了南京明故宫宫殿殿琉璃瓦，九龙藻井，丹陛等物发往浙江普陀山法雨寺建成九龙大殿，目前法雨寺中还保留了原本为明故宫的丹陛、九龙藻井以及大量的屋顶琉璃瓦、琉璃构件，每一件都非常珍贵。其中最为弥足珍贵的是被安置在法雨寺九龙殿内中间顶部的九龙藻井，九条木雕金龙依然完好，张牙舞爪、栩栩如生，虽然经过多次修葺，但还基本保持原样，充分反映出南京明故宫建筑风格重气势而不追求过分华丽的“简朴”风格。

从法雨寺九龙殿保留的明故宫琉璃构件（包括瓦当、滴水、正脊、垂兽、截兽、正吻等）以及明故宫遗留的构件来看，其装饰风格已为中国明清官式建筑打造了样板，影响其后几百年至今。

1911年，英国人法雷斯又从明故宫遗址中拆走七块石刻和三对石狮，运往下关扬子饭店进行装饰。到了1929年，为了迎接孙中山先生灵柩安葬中山陵，新建了中山东路和逸仙桥，中山东路横跨奉天殿广场，把遗址分为南北两部分（目前南部为白下区管辖，北部为玄武区管辖），这时的明故宫遗址仅存午门与地下柱础等少量的遗迹了。

原国民党主席林森，好古玩古，对明故宫和明孝陵的建筑遗址钟爱有佳。1932年，他修建自己的别墅“桂林石屋”时，竟然从明故宫遗址上“调用”了一批精美石雕装饰在石屋前。

南京解放后，刘伯承、陈毅等同志即邀请有关专家、学者座谈，征求保护意见。与会者一致认为这是我国历史上重要的明朝皇宫遗址，应该予以保护，因此决定将约350个石柱础就地深埋，埋入路北侧中轴线及其两侧；将中山东路北侧约60万平方米的地面辟为南京军区教练场进行保护；并将当年被英国人法雷斯劫至下关扬子饭店的石雕运回，陈列在奉天门遗址。

现在这座由七块石雕组成的石屏风，虽然不知其原来的准确用途，但是精美程度比中都雕刻都有过之而无不及。20世纪90年代南京军区教练场迁出明故宫遗址，现在明故宫遗址已经被开辟成了明故宫遗址公园，供大家参观。

这座作为洪武、建文、永乐三朝的明初皇宫，实际使用长达54年，可最终还是走向毁灭。南京明故宫是北京故宫的蓝本，朱棣在北京修建的故宫是完全按照南京明故宫的形制修建的，明代的北京故宫相当长时期各个部分的名称都和南京明故宫一样，到明中晚期和清代才有所变化。

现在北京故宫大部分建筑虽为清代重建的，即便如此，还是没有改变明代皇宫的整体形制。而南京明故宫并没有留下详细的图纸，考古学者只能根据遗址零散分布的遗迹，大概推测出其分布状况。

即使如此，我们还是能从北京故宫看出当年南京明故宫的辉煌。厚重潜伏的历史底蕴，古风犹存的历史遗迹，明故宫依然散发着她那种历史赋予的高贵气质，无言地叙述那永不磨灭的悲壮历史。明故宫遗迹隐藏的神秘，深深地吸引着后人，并从中感受和想象这座皇宫点点滴滴。