杀完人后，朱棣松了一口气。他重建了被烧毁的奉天殿，而在这座宫殿里，朱棣并不自在，朱元璋和朱允炆魂魄以及众多怨魄似乎一直在大殿内环绕，让朱棣寝食不安。朱棣不停地吃斋拜佛，在寺庙里，朱棣装着甚至连一只蚂蚁都不敢误伤。

朱棣总觉得死后无脸葬在父亲的孝陵旁，不过让他欣慰的是朱元璋晚年就有迁都的想法，所以迁都北京从朱棣一登基时就开始考虑了。永乐元年（1404年），朱棣登基后立即改北平为北京。

永乐四年（1406年），群臣“请求”建北京宫殿，朱棣高兴地答应了。永乐七年（1409年）后，朱棣多次北巡，长期住在北京，而太子朱高炽在南京行监国之事，天下奏章都要送往北京行在所，这时北京已成为实际的政治中心。

永乐十四年（1416年），朱棣正式下令在元大内宫殿遗址上营建北京宫殿，所有建筑均照南京宫殿规制；到永乐十八年（1420年），北京宫殿落成。这年九月，朱棣下令以北京为京师，正式迁都北京。至此，南京宫殿正式结束王朝皇宫的使命。

朱棣在位期间，并没有放松对建文帝的搜寻，他派户科都给事中胡滢遍行全国各地长达16年，秘密寻找建文帝的下落。有人推测，搜寻建文帝也是朱棣派郑和下西洋的主要任务。而朱允炆当年到底是逃走还是自焚而死，至今都是个史谜，也许永远不得人知。

近些年，越来越多的证据都推测朱允炆在“靖难之役”中没有死，而出逃到了其他地方，至于死后葬在何处，则有各种说法。20世纪90年代，南京前湖紧靠皇城的一段明城墙倒塌，在城墙内发现了神秘的通道，这说明当年皇宫里很可能有一条和城墙连通的密道，供紧急情况下使用。

不妨根据一些记载设想一下那传奇的历史场面：朱棣大军破城的那天，朱允炆正要自杀，被翰林院编修程济拦住，程济说与其自杀，不如逃走，这时少监王钺拿出一个箧子，说是朱元璋临终时留下，如临大难就打开它。

建文帝见到祖父留下的东西，悲鸣不已，铁箧打开后，里面是三张度牒，分别写着三个名字：应文、应能、应贤。箧内袈裟、帽、鞋、剃刀，应有尽有，还有10锭白金。“应文”便指朱允炆了，在场的还有吴王府教授杨应能，监察御史叶希贤，便是“应能、应贤”了。箧内还用红颜色写着两行字：“应文从鬼门出，余从水关御沟而行。薄暮，会于神乐观之。”

建文帝等人剃了发，穿了袈裟，假扮和尚，从密道逃出皇宫。临走之前，朱允炆连忙让人焚烧宫殿，让其他人各自去逃命，而马皇后和几位妃子心甘情愿地跳入火中而替皇帝去死。

从此以后，建文帝一行人过上了流亡苦旅，云游到云南、湖北、四川、广东、贵州、浙江，终无消息。直到朱棣死的前一年的一个晚上，朱棣已睡下，突然听说胡滢回来了，急忙起身穿上衣服，在卧室单独召见，二人一直谈到四更天，至于具体谈的什么，没有详细的记载。但可以肯定的是胡滢打听到了建文帝的确切消息，并且表述，事隔多年后，建文帝已经没有重夺帝位的想法了。朱棣终于放心了，从此再也不究问建文帝踪迹了。