有部分人将接受二十一条的责任归咎于袁世凯，指他意欲复辟帝制，为求得日本的支持，借助出卖国家主权换取日本的支持。但亦有人根据当年的档案及当时人的日记，指出袁世凯是在日本宣战的压力下，力争至最后一刻方才被迫接受二十一条的部份条款。

至于日本以支持袁复辟作为报酬，亦缺乏证据支持，也有学者认为袁世凯复辟失败正是由于他在二十一条的力争，使得日本政府在其宣布帝制时“强力倒袁”所致。特别是当时袁世凯最大的政敌正是二次革命后以日本为基地进行反袁的孙中山。孙一路都大力鼓吹日本制裁袁世凯。袁世凯至死前，仍称自己的去世将为“日人除一大患”。

随着护国运动的开展，袁世凯最终死去。该条约的部分内容由于影响到其他国家的在华利益，一次大战结束后在1922年的华盛顿会议上被废除部分条款。 随后条约内容不断被改写，直至1945年日本在第二次世界大战中失败后彻底废除。